Znaczniki (potocznie tagi, od ang. tags)

to oznaczenia pozycji i rozciągłości w czasie (oraz ew. odprowadzeń), określających zwykle występowanie zdarzeń, związanych z zapisem EEG — na przykład:
Wystąpienia bodźców, potrzebne do uśredniania potencjałów wywołanych:
oznaczenia synchronizowanych z sygnałem bodźców tworzone są zwykle automatycznie w czasie rejestracji EEG w eksperymencie, dzięki synchronizacji czasu między systemem generującym bodźce (komputer wyświetlający lub kontrolujący bodźce wzrokowe lub słuchowe czy czuciowe) a systemem rejestracji. Szczegóły tego procesu zależą od systemu, w którym projektowano i implementowano dany eksperyment.
Występujące w sygnale struktury (grafoelementy), jak np. wrzeciona snu czy artefakty:
oznaczanie w sygnale struktur (zwanych czasem grafoelementami) odbywa się zwykle a posteriori, na uprzednio zarejestrowanym sygnale. Artefakty oznaczamy zwykle w celu wykluczenia oznaczonych odcinków z dalszych analiz, więc mogą to być oznaczenia niezwiązane z konkretnym kanałem. Z kolei wybrane grafoelementy (wrzeciona snu, fale wolne itp.) możemy oznaczać w konkretnych odprowadzeniach. Wszystkie te oznaczenia mogą być generowane automatycznie z użyciem wybranych metod analizy sygnałów (jak np. zaimplementowane w Svarogu oznaczanie struktur wybranych z dekompozycji MP), lub ręcznie/wzrokowo (np. przez elektroencefalografistę, w celu porówania z detekcją automatyczną).
Stadia snu:
stadia snu zdefiniowano (względnie) ściśle po raz pierwszy w roku 1968 (A Manual of Standardized Terminology, Techniques and Scoring System for Sleep Stages of Human Subjects: Allan Rechtschaffen and Anthony Kales, Editors). Uaktualnione wersje standardu publikowane są przez American Academy of Sleep Medicine w The AASM Manual for the Scoring of Sleep and Associated Events. Jak widać z tytułu, poza samymi stadiami oznaczać można również wybrane grafoelementy, których obecność wchodzi w skład kryteriów określających wystąpienia danego stadium. Svarog oferuje predefiniowane schematy oznaczeń wedle obydwu w/w standardów.

Typy znaczników

pagetag tag stronicowy,
czyli przypisujący oznaczenie (na przykład stadium snu) jednej składce sygnału, o długości zwykle 20 lub 30 sekund (definowanej we własnościach pliku, można ją zmienić w oknie wczytywania pliku lub w zakładce "Tagi" okna "Preferencje" z menu "Narzędzia"),
blocktag tag blokowy,
czyli przypisujący oznaczenie jednego bloku sygnału — ten znacznik był wykorzystywany do oznacznia artefaktów w sztywnych blokach, i zachowany jest dla kompatybilności z wykonywanymi wcześniej oznaczeniami; liczbę bloków na składkę określamy razem z długością składki jak opisano powyżej,
channeltag tag kanałowy,
czyli przypisany do jednego lub wszystkich odprowadzeń, oznaczający początek i koniec wystapienia zdarzenia lub struktury, jak również konkretne odprowadzenie, w którym strukturę oznaczano (może być też przypisany do wszystkich kanałów). Svarog zapisuje również montaż, w którym wykonywano dane oznaczenia, gdyż mogą się one odnosić np. do specyficznych odprowadzeń bipolarnych.

Menu

tag Nowy tag
otwiera okno wyboru "Wybierz nowy typ tagu":
tag Otwórz tag
Po wczytaniu sygnału możemy wczytać plik z przypisanymi do niego oznaczeniami, które będą wyświetlane na sygnale. Do jednego sygnału może być przypisany więcej niż jeden plik z oznaczeniami — na przykład struktury oznaczane przez różnych ekspertów lub znaczniki tworzone przez algorytm. Po wczytaniu drugiego pliku z tagami, Svarog wyświetli na sygnale znaczniki z obu plików. Ponadto, jeśli otworzymy dodatkowe okno z tym samym sygnałem, klikając biały plusik w zielonym kółku tag w lewym górnym rogu okna z sygnałem, możemy te oznaczenia oglądać w dwóch osobnych oknach wwyświetlających synchronicznie ten sam sygnał z różnymi oznaczeniami. Guzik tag w drugim (podrzędnym) oknie kontroluje ustawienia synchchronizacji między oknami, montaże itp. Jeśli w plikach zapisane były stadia snu, kliknięcie prawym guzikiem myszy na oknie wyświetlanego hipnogramu umożliwia synchronicznie wyświetlenie obu hipnogramów.
tag Zapisz znaczniki (tag)
Wczytane lub stworzone znaczniki można edytować, a po edycji zapisać na dysku.
tag Zapisz tag jako ...
...ew. pod zmienioną nazwą.
tag Zamknij tag
Zamyka bieżący tag.
Eksport do EEGLAB
Pozwala zapisać tag w formacie czytelnym dla pakietu EEGLAB.
tag Wybierz aktywny tag
Ze względu na opisaną wcześniej możliwość jednoczesnego wyświetlania oznaczeń z więcej niż jednego pliku, w przypadku edycji trzeba jednoznacznie określić, do którego pliku będą przy/zapisywane zmiany.
tag Edytuj opis tagu
Do pliku można dodać tekstowy opis, zawiertający na przykład parametry wykorzystanego algorytmu lub datę i imię eksperta, który oznaczenia wykonał.
tag Style znaczników
Styl definiuje m.in. kolor każdego ze znaczników, używany do wizualizacji, krótki opis, oraz przypisany skrót klawiszowy, ułatwiający ręczne oznaczanie. Okno otwarte tą komendą pozwala na edycję styli wczytanego wcześniej, aktywnego tagu.
tag Edytuj szablony stylów tagów
Pozwala tworzyć nowe (lub modyfikować predefiniowane) style, bez konieczności uprzedniego otwarcia pliku.

tag Porównaj tagi
Otwiera okno pozwalające na wykonanie porównania statystycznego dwóch wczytanych wcześniej plików ze znacznikami oraz wybór sposobu wyświetlania więcej niż jednego zestawu oznaczeń: jeśli włączymy tryb porównania, Svarog oznaczy graficznie na wyświetlanym sygnale różnice między tagami tego samego typu z różnych plików.
     Synchronizuj tagi z wyzwalaczem (triggerem)
Pozwala na automatyczne tworzenie znaczników na podstawie odprowadzenia, w którym zapisano (razem z EEG) sygnał związany z bodźcem. Jako moment wystąpienia bodźca możemy określić (zależnie od warunków eksperymentu) na przykład odpowiednie narastanie tego sygnału. Wtedy w odpowiednich miejscach Svarog wstawi znaczniki, na podstawie których będziemy mogli na przykład uśredniać potencjały wywołane tym bodźcem.

Technikalia

Znaczniki zapisywane są w plikach *.tag w formacie xml. Plik zawierający znaczniki powinien być jednoznacznie powiązany jest z plikiem zawierającym opisywany sygnał (przez nazwę pliku), ale do jednego sygnału może być przypisanych wiele plików z oznaczeniami.
Pierwotna idea znaczników w SignalML opisana jest w dokumencie https://braintech.pl/software/svarog/signalml-annotations/, ale nie wszystkie możliwości są zaimplementowane w Svarogu. Zrezygnowaliśmyh na przykład z zapisu sumy kontrolnej, która ulegałaby zmianie po zapisie przefiltrowanego sygnału — tag stawałby się niezgodny z nowym plikiem, zawierającym przefiltrowany sygnał EEG.